Наибольший удельный вес в объеме производства отрасли занимает продукция предприятий, вырабатывающих азотные удобрения. В 2006 году было произведено 940,9 тыс. тонн минеральных удобрений (на 100% питательных веществ), в том числе 812,3 тыс. тонн азотных и 128,6 тыс. тонн – фосфорных. Темп прироста к 2005 году составил соответственно 106,2 и 127%. На 76 тыс. тонн по сравнению с предыдущим годом увеличился выпуск аммиака, на 50,2 тыс. тонн – аммиачной селитры, на 51,9 тыс. тонн – карбамида, на 27,3 тыс. тонн – фосфорных удобрений.

Наибольший прирост  получен на ОАО «Аммофос», «Электркимесаноат», «Навоиазот», «Ферганаазот», СП АО «Электрохимзавод». Производство фосфорных удобрений в 2005-2006 гг. было полностью обеспечено за счет использования сырья Кызылкумского фосфоритового комплекса, ранее сырье импортировалось из Казахстана. Чуть более 10 лет назад Навойский горно-металлургический комбинат приступил к строительству Кызылкумского фосфоритного комплекса на баз Джерой-Сардаринского месторождения фосфоритов в Центральных Кызылкумах. Основным потребителем кызылкумского сырья является ОАО «Аммофос», контролирующее значительную часть внутреннего рынка фосфорных удобрений. Потребность страны в этом виде удобрений находится на уровне 700 тысяч тонн, предложение же существенно ниже. В январе 2007 года на Кызылкумском фосфоритном комбинате ввели в эксплуатацию установки для промывки хлоридов из фосфорной руды, в результате чего снизится износ оборудования и коммуникаций на предприятиях-производителях фосфорных удобрений.

Калийные удобрения Узбекистан импортирует. Со строительством новой железнодорожной линии Ташгузар – Бойсун – Кумкурган у отрасли появится возможность начать организацию собственного производства калийных удобрений на базе разведанных запасов калийных солей месторождения Тюбетаган (Кашкадырьинская область).